Saint-Agnan en Morvan recouvre plusieurs villages, hameaux, lieux-dits et écarts, dont : Le Bourg,les Amands, les Blancs, les Champs de Bornoux, les Chereaux, les Corbières, les Gueniffets, Les gros delà et les Gros deça, le Jarnoy, les Loisons, la Métairie Rouge, les Marlins, les Michaux,Les Corps, Moulin neuf, les Pompons, le bas Jarnoy, le Verny des Coudres, les Garniers, la Cordinnerie, les Ruez, les Augers, les Brûlons, le Moulin des Pierres.
Le Lac
L’un des 6 grands lacs du Morvan,inauguré en 1969, ce lac artificiel situé sur le Cousin s’étend sur 140 ha à niveau constant.
Son barrage à l’extrémité nord est long de 160m et s’élève à 16m de hauteur. Il est équipé d’une centrale hydro-électrique gérée par EDF. Cette retenue d’eau permet l’alimentation en eau potable de 23 communes icaunaises et aussi de Saint Agnan.
